Des études du métabolisme dans les plantes cultivées sont employées pour élucider la voie de dégradation de la substance active, ce qui nécessite l'identification du métabolisme et/ou des produits de dégradation quand un pesticide est appliqué à une récolte directement ou indirectement.

L’étude du métabolisme dans les récoltes doit être effectuée pour chaque type de groupe de plantes. Cinq catégories pour des études de métabolisme de plantes cultivées peuvent être considérées : légumes-racines, plantes à feuilles, fruits, plantes protéagineuses et oléagineuses, et céréales. La substance active est appliquée sur les feuilles, le sol ou les graines, ou des traitements après récolte. Elle doit être marquée pour permettre la quantification ; le radio-isotope préféré est 14C ; 32P, 35S peuvent être employés. L'étude est réalisée en utilisant un sol de limon sableux traité avec la substance d'essai radiomarquée. L'étude peut être réalisée dans une serre ou dans une parcelle ou une chambre de culture. Le taux maximum d'application (le taux d'application conseillé par les bonnes pratiques agricoles) est utilisé pour permettre la caractérisation et/ou l'identification du résidu. Des échantillons de tous les produits agricoles bruts sont collectés pour la caractérisation et/ou l'identification des résidus et la détermination des résidus radioactifs totaux.